金税三期系统上线之后，在进行申报增值税前，我们首先要明确的是，企业有两种类别：①小规模纳税人②一般纳税人企业。（以深圳市为例）1、小规模纳税人企业的纳税申报，该类型的企业增值税为季度申报，申报日期为：季度终了，次季度初15号前（如有假期则会延期）。登录国税官方网站：①实名认证方式登录；②输入纳税识别号及密码进行登录。
登录进入国税官方页面之后，点击增值税，“我要申报”按钮，按照步骤，录入上季度开票金额（包含自开、代开），点击下一步，逐步生成报表，保存并提交申报表。又有退款生成，则点击税款缴纳，完成申报。2、一般纳税人企业的增值税申报，该类型的企业为月度申报，申报时间为月度终了次月15号前（如有法定节假日，则会延期）。
申报的流程：①首先在金税盘或税控盘开票软件，进行抄报税或上报汇总，打印增值税专用（或普通）发票汇总表及明细表，记住，一要选择累计汇总打印。②在网上电子申报系统，销项及进项数据，点击自动生成报表，并且保存。发送申报表，并获取数据反馈。申报成功后，又有税金，则点击税款缴纳，进行税款扣除。③返回到金税盘或税控盘开票软件，进行远程清卡或反写，操作成功后退出软件，若能顺利重新进入系统，则申报完成。
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