《黑客帝国1》剧照。电影中先知住处有个小神僧，教尼奥用超能力弄弯勺子，并告诉他改变的不是勺子，是人的心灵，引导其不再执着于表象，看破表象。《黑客帝国》援引东方哲学宗教填补西方思想真空，从西方的二元对立、物我分立，走向东方的一元融合、自然平和《黑客帝国》第一部结尾处，在矩阵里死亡的尼奥复活，矩阵的一切在他眼中都是可以随意修改的代码，获得了任意左右矩阵世界的超能力，徒手停子弹，俯身躲子弹，上天入地无所不能。
到了第二部结尾，尼奥能够徒手瘫痪机器章鱼，把矩阵的超能力带入现实世界，还一度肉体不接插头，意识脱离身体来到程序中转驿站。第三部中，受伤瞎眼的尼奥进入机器城，如此黑暗可怖的地方，在他的感知里是金光流动的世界。电影本就是基于程序与机器——心灵和肉体的类比，人的灵魂也无非是可以上传、删改、编码的程序，如果说第一部从以虚为实到以虚为虚，看破矩阵世界的虚幻，那么第二部带着这种领悟，抛却感官的虚妄，看破现实世界的虚幻，破实为虚。
矩阵非真，现实亦非真。长久以来，对于锡安也是矩阵世界的争论不绝于耳，不少观众无法理解尼奥为何在现实中也有超能力，对此导演拉娜·沃卓斯基说道：“虚拟世界不光指矩阵，金光就是解构的核心”，满是对人们不醒悟的遗憾。她还说：“尼奥站在觉悟的边缘，准备解决选择和无选择，自由意志和命运的悖论，但这只能通过放弃实现，当他放弃了真理的视角性，接受意识的总体性，这种总体性最终带来进化的转变，超越了笛卡尔主义的困境，为世界提供了第三条道路的选择，即是尼奥的道路，和平的道路。
”俗人以物质为实相，但觉悟者看到的是流动不居、聚散无常的能量。从执迷于人机、虚实、物我、主客、宿命与自由意志的分别，到不分别，达到天人合一、物我两忘、虚实两空的境界。自此影片内涵骤然跃升，“缸中之脑”的纠结不复存在，抛弃是非、正邪、善恶、生死的对立执念，不是机器和人类你死我活，而是谋求和谐共存。影片中特工史密斯是矩阵系统中删除非法程序的程序，他消灭了尼奥却被尼奥反杀，互相携带了对方的代码，导致运算错误，变成无限复制的病毒，即将占据矩阵，入侵机器，引发机器和人类的共同危机。
讽刺的是，史密斯原本极为敌视人类，称人类是无限繁殖、破坏环境、掠夺资源的地球病毒，如今他转化为这种病毒。他也可以载入人类肉体，好似灵魂附身。尼奥和史密斯与其说是宿敌，不如说是一体，这种一体两面、善恶选择的情节在《哈利波特》等电影中常见，但《黑客帝国》着眼点不在二分和选择，而在转化与合一。尼奥最终参悟了阴阳消长、平衡统一的“道”，无有怖畏、欣然拥抱对立面，二者正负湮灭、圆满寂灭，迎来人类、矩阵的新纪元。
《黑客帝国2 ：重装上阵》剧照。影片中特工史密斯是矩阵系统中删除非法程序的程序，他消灭了尼奥却被尼奥反杀，互相携带了对方的代码，导致运算错误，变成无限复制的病毒未来的出路在东方赛博朋克本就是“后人类”文化，人不再是物质世界、精神世界的中心，世界不为人类独有，也不为人类独占，并不存在什么永恒不变的人的本质。
坦然接受人类的消亡，人工智能时代或是人类积极演化的新阶段。寂灭后是超脱，末世后是新生。电影中，人工智能的矩阵反而帮助人超越物质世界，进化为纯意识体，而程序也进化了，实为发电厂程序的印度家庭，居然有了爱的结晶，生出一个小女孩，她拥有可以优化矩阵的能力。史密斯这个矩阵体制的爪牙，都有摆脱矩阵、追求自由的想法。
程序朝着人进化，矩阵环境也更加人性，人可以自由出入，实在是给人极大安慰的美好结局。赛博朋克也本就具有亚洲文化基因，《黑客帝国》不仅把中国武术推向世界，从此让老外使用功夫成为银幕动作场面新常态，更在思想内涵上深谙与推崇东方文化。第三部结尾处，中国人邹兆龙饰演的防火墙程序“赛拉弗”和印度女孩程序迎着美丽的朝阳，寓意着未来的出路在东方。
这种西方的物质文明和东方的精神文明、西方技术与东方智慧，是人类在生死存亡关头的最后两样法宝、两条出路的比喻，在好莱坞电影里屡见不鲜：《黑客帝国》里是大决战时，锡安的机甲大军迎战机械乌贼，尼奥悟道涅槃；在《复仇者联盟》中是面对灭霸时，最终迎战的两员大将：一是机甲战士钢铁侠，二是会东方心灵法术的奇异博士。
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