待到杨破天在波斯明教大殿之上大败大圣宝树王、常胜宝树王两位法王，轻取流云使、妙风使、辉月使三使之后，霍山更是下定决心，要不惜任何代价让其加入到明教。杨破天虽与明教一直从未有过交集，但也听闻明教在坚持抗击蒙元，为不使抗击蒙元的力量流失和取回屠龙刀，随即虚与委蛇，并提出要将屠龙刀带回中原。霍山本就不知道屠龙刀的秘密，也就答应于他，甚至将波斯明教镇教之宝乾坤大挪移传授于杨破天。
乾坤大挪移和九阴真经本就相辅相成，互补短板，杨破天习得乾坤大挪移后，武功更是精进许多，几乎可达当世无敌地步。杨破天携带屠龙刀与圣火令自南海而入中原，途经江南时，恰巧耶律齐正在围剿江南明教。江南明教教主柳啸天虽豪气冲天，却也难敌耶律齐的打狗棒法，就在柳啸天和年纪尚小的女儿柳芯茹及徒弟成昆全军覆没之际，杨破天及时赶到。
初时，耶律齐还欺杨破天年少，不想数招下来，便发现自己远非对方敌手，更令其咋舌的是，对方似乎对打狗棒法与降龙十八掌竟然相当熟悉，终于，耶律齐明白此少年为郭芙之子，就在耶律齐面带惊愕之时，杨破天重重一掌将其击出数丈。耶律齐留下此生唯一错误便是背叛郭芙的遗言后，气绝而亡。当柳啸天得知此青年才俊便是将来的明教教主，颇多感慨，赞美之词更是溢于言表，柳芯茹更是对这位大己近十岁的少年英侠难抑崇拜之情，爱慕之情随即隐隐而生。
杨破天将打狗棒交给万兽山庄史叔刚后，并将诛杀耶律齐之事一并相告，史叔刚及其子史火龙大喜，对恢复丐帮昔日荣光充满了信心。明教由于朝廷的数次围剿，不得不远走西域，犹如丧家之犬，居无定所，加上没有明教信物圣火令，教主衣琇早已焦头烂额，今见杨破天迎回圣火令，如释重负，于是将教主一职传位于杨破天。杨破天首先将明教残兵败将聚集于白驼山，并改名光明顶，为免江湖中人的暗自揣度及不必要的麻烦，杨破天也改名为阳顶天。
阳顶天首先整顿教义，大规模扩充明教组织，并策动了几次大规模的反元活动，由此明教在西域的名声大震，柳啸天率领江南明教首先回归，数个林林总总的西域帮派与武林群雄纷纷加入，从此以后，光明顶熊熊的圣火燃烧开来。明教的急速扩张，引起了比邻而居的昆仑派极度不安。当昆仑派得知屠龙刀在明教之手后，于是炮制出，攘外必先安内，鞑虏要灭，万不可让明教做主中原的口号，意图引起江湖纷争，自己可趁乱得到屠龙刀，而六大门派各怀鬼胎，为了维护自己在武林中的地位，也就将消灭明教作为了自己的首要任务。
昆仑派占据地利优势，掌门青鸾子率先带队开始攻击明教，可惜都无功而返，但是在此过程中，阳顶天结识了青鸾子之女沈青眉。沈青眉年方十八，云英未嫁，阳顶天风姿隽爽，萧疏轩举，两人本就是郎才女貌，天生一对，虽处不同阵营，但私下里却定下了三生之约。少年人情窦初开，耽于美色，一时溺惑自也难免，终于到了物我两忘的地步。
此事终于被青鸾子所知，一怒之下，便将沈青眉囚于昆仑派山后石窟，不让其与外界接触。此时沈青眉已身怀六甲，没得法子只能在此恶劣环境产下一子。五年后，青鸾子暴毙，昆仑派继承人白鹿子才将此事张扬出去，阳顶天这才知道寻访多年未果的沈青眉居然被囚于昆仑，于是将其救出。沈青眉在潮湿阴暗之地生活多年，早已积郁成疾，灯枯油尽，如今又喜极而泣，留下遗言后便撒手人寰而去。
阳顶天给孩子起名杨思忘后，暂由杨瑶琴抚养。第二年，年逾古稀的杨过思念故土，想拜祭葬于古墓的小龙女，于是在郭芙及杨瑶琴的陪同下，带着杨思忘踏上了重回中原故土之路。途经华山，杨过上山拜祭长眠于此的欧阳锋与洪七公，拜祭之后，不想杨过年纪已高，加上舟车劳顿，体力已消殆一空，终于在睡梦中无疾而终，一代神雕大侠就此陨落。
郭芙首先在华山立下杨过衣冠冢，并将其昔日所用的独孤九剑家谱埋于其中，把这里起名“思过崖”后，将杨过遗体运往古墓，将其与小龙女安葬在一起。三人归隐古墓后，姑姑杨瑶琴为照顾杨思忘以至终身未嫁，而杨思忘少年时的经历已成为他终身噩梦，也就一直未出古墓，其后人黄衫女一句“终南山后，活死人墓，神雕侠侣，绝迹江湖”从此令人有着无限遐想。
