但西线调水工程的取水点在青藏高原区域，比中线工程直接抬升了两个阶梯，山地、高原纵横交错，施工难度比较大，投资成本较高。西线对比中线工程以中线工程为例，直接从丹江口水库取水，向华北京津冀输送，丹江口水库自然海拔比京津冀高出了100多米，输水线路只需要在平原之上开挖人工河道即可，主要成本是沿途的拆迁及移民。
反观西线输水工程，多是从通天河、雅砻江调水至黄河，沿途虽然很少涉及到移民，但山体沟壑纵横，只能通过开凿隧洞实现输水，成本非常之高。西线取水在长江上游另外东线和中线输水工程都是从长江流域的中下游取水，而西线工程不管是从雅砻江还是通天河取水，都属于长江上游，上游的水量无法与下游水量相比。毕竟长江总水量不单单只是靠干流，而更多是靠沿途的支流进行水资源补充，所以从上游取水需要合并多条小型支流，从而要建设多座水利枢纽，这也增加了调水成本。
西线工程举例以西线调水工程当中的雅砻江--黄河线路为例，先从雅砻江支流达曲调水7亿立方米，修建引水隧洞经过雅砻江支流泥曲，再调水8亿立方米继续向东，经过大渡河支流杜柯河调水11.5亿立方米，向东到达麻尔曲同样调水11.5亿立方米，之后向北转折连通阿柯河，再调水2亿立方米，自此全线调水总计40亿立方米，统一向北输送至黄河支流贾曲，线路工程才宣告完成，沿途每经过一条支流都需要修建一座水利枢纽，耗资非常大。
西线面临黄土高原除了输水成本高以外，西线工程当中还面临着黄土高原泥沙问题，因为西线调水要通过黄河河道向山西、陕西、内蒙等省份输水，这就不可避免的需要经过黄土高原。黄土高原缺少植被覆盖，水土流失严重，水资源到达陕西和山西之时，河道泥沙含量超高，根本无法直接利用，所以不解决黄土高原泥沙，西线工程也会受阻。
南方汛情严峻，为啥不发挥“三峡工程”和“南水北调工程”的作用？
中国北方缺水干旱，南方洪水泛滥成灾。若把南方洪水输送到北方，既缓解北方旱情，又消除南方洪涝，岂不是一举两得！可惜，这只是一厢情愿。南方的洪水只出现在夏秋雨季，它来的快，也去得快！我们根本没有能力搞成如此庞大的水利系统工程，能将南方洪水有序的收集起来，通过强大的动力提升系统，把它们迅速输送到北方去。能否把南方的洪水收储起来，再细水长流、源源不断输送到北方？这也太难！除非在中国南方人造一个“贝加尔湖”，它的储水能力秒杀太湖、巢湖、鄱阳湖、洪湖、洞庭湖等的总和。
要建造这样一个“贝加尔湖”，或许中国举国体制的优势和“基建狂魔”的能力相结合能做到，但要在中国南方水网地区，深挖出大得难以想象的大水库（大深坑），笔者琢磨，中国的财力难以支撑。即使能够支撑，它产生的效益也不会划算！还有要严肃思考的问题。若中国人为拦截了南方洪水，改变了它们年复一年有规律冲入东海现象，会使中国海洋环境发生改变、从而导致中国东部自然环境随改变，对中国是福是祸？必须要严肃思考。
若中国在南方挖了“贝加尔湖”，它对相关地区地质环境的破坏、对局地气候环境、水环境的改变，会不会诱发生态灾难？也必须要严肃思考！小结中国“南涝北旱”是自然环境条件下形成的。是地球生态系统的有机组成部分。人类不应该、也没有能力彻底改变。中国为解决北方缺水问题，郑重实施了“南水北调”工程，由于拦截和输水量相当有限，长江中下游水环境并没有发生剧烈变化。
（南水北调中线工程从2014年12月12日正式通水，截至2020年6月3日，累计向北输水300亿立方米，沿线6000万人口受益。）证明中国推行这项已堪称伟大的工程是稳健的。若要陡然加大“南水北调”力度，必须通过严密的科学论证，还要编制严谨的可行性方案。这些前期工作非5年、10年能完成。而且即使完成了，全国人大是否批准实施还说不准。
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