收到免税发票，我们还可以抵扣嘛？
根据增值税“环环相扣”的基本设计原理，只有上一环节交了税，下一环节才允许抵扣，所以在通常情况下一般纳税人取得免税发票是不允许抵扣进项税额的。但是也有例外，因为农产品行业的特殊性，以及国家对于农业的扶持，特别规定一般纳税人取得免税的农产品销售发票或者收购发票允许抵扣进项税额，但并不是所有一般纳税人取得农产品销售或者收购发票都允许抵扣进项税额。
一般纳税人收购初级农产品取得的农产品收购发票或者销售发票，可以计算抵扣9%的进项税额。农产品是工商业等行业的基础原材料最初来源之一，是整个产业链的最上游。因为这个环节已经没有上游了，只有销项，没法抵扣进项，如果全额缴税，税负就很重。另外，由于销售初级农产品的纳税人大多数是农民、农村专业合作社，农民在很多情况下无法提供销售发票。
为此，国家为初级农产品的销售设计了一套特殊的制度：农业生产者销售初级农产品免征增值税，但是收购初级农产品的一般纳税人可以凭借农产品销售发票或收购发票计算抵扣进项税额。农产品销售发票或收购发票均为免税发票，销售方无需缴纳增值税。销售发票由销售农产品的农业生产者（如办理了税务登记的农村专业合作社、农场等）开具，收购发票由收购农产品的一般纳税人自行开具。
采购农产品可以抵扣的进项税额=农产品销售发票或收购发票注明的收购金额×9%收购初级农产品用于生产销售13%税率产品的一般纳税人，允许加计抵扣1%。因为收购初级农产品允许抵扣9%，销售深加工的农产品一般税率为13%，中间有4个点的税负差值，为了扶持这部分一般纳税人，降低他们的税负，允许这部分纳税人在抵扣9%的基础上，在生产领用环节再抵扣1%的进项税额。
这就是所谓的农产品“加计抵扣1%”政策。实行核定扣除进项税额的特定行业一般纳税人，即使取得农产品收购发票或者销售发票，也不能凭票抵扣进项税额。正是由于初级农产品销售免征增值税，但是取得发票的一般纳税人却可以抵扣进项税额，导致少数不法分子动了歪脑子——反正农产品销售发票或者收购发票是免税的，那就多开点也没关系，多开就可以多抵扣。
例如，实际收购了价值1万元的农产品，但是发票上就开成1.5万元，那么采购方就可以多抵扣50%。一时间，虚开农产品发票的案件频频爆发，严重扰乱了税收征管秩序和税收公平。基于上述情况，国家税务总局又设计了另外一套抵扣的制度——在部分行业试行农产品进项税额核定扣除，不再凭借发票抵扣进项税额。从2012年7月1日起，全国范围内以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人，纳入农产品进项税额核定扣除试点范围，其购进农产品无论是否用于生产上述产品，进项税额均采取核定方法进行抵扣，不能再凭借发票进行抵扣进项税额。
核定计算方法有三种，分别是投入产出法、成本法和参照法。核定扣除进项税额的方法，使得免税的农产品销售或者收购发票变成了废纸，虚开的意义也就不复存在了，填补了虚开的漏洞。总结：收到免税发票抵扣进项税额的规定，仅仅适用于收购农产品的增值税一般纳税人。但是利用这一政策钻空子、虚开发票的纳税人泛滥，导致税务总局设计了一个新的核定抵扣进项税额的制度，部分行业不再凭农产品发票抵扣进项，堵住了虚开的漏洞。
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