《新世纪福音战士》中NERV打使徒保护人类，为什么最后会遭到人类攻击？
在《EVA》老剧场版《真心为你》的前半部分中，出现了NERV总部被攻打，伤亡惨重的情节。估计很多观众都有点奇怪，为什么作为人类最后的希望，活跃在抵抗使徒最前线的NERV会被人类进攻呢？其实这个问题还要从NERV的碇源渡与SEELE的关系说起。碇源渡是个很有野心的人，为了进SEELE的研究所，他不惜做上门女婿，舍弃自己的旧姓“六分仪”也要接近碇唯。
这个迷一样的男人经摸爬滚打坐上了NERV司令的位置。后来碇唯在实验中身亡，碇源渡发现自己竟然深爱着那个女人，于是打算利用莉莉丝重新与老婆见上一面。所以他对待人类补完的态度与SEELE有所不同。SEELE人类补完的目的是让所有人类回顾莉莉丝，用肉体的死亡换来精神的永生，用个体的逝去来洗刷人类的罪恶。不过碇源渡的想法是“死亡什么都改变不了”，他希望能将亚当的胚胎与莉莉丝融合，从而成为接近“神”的存在。
SEELE和碇源渡之前经历过多次摩擦，之后演化为直接冲突。TV版把渚薰派去NERV搞破坏，算是第一次直接冲突。在《真心为你》中，约定之日即将到来，冲突也再次升级。因为莉莉丝被钉在中央教条区，SEELE无法用她来完成“人类补完计划”，只能抓走初号机作为莉莉丝的替代品。另一方面，SEELE也不想看到碇源渡抢先完成他的阴谋，于是就欺骗日本政府，说“碇源渡想要引发第三次冲击”，接到情报的部队为了阻止NERV，对它的日本总部发起了大举进攻。
在《新世纪福音战士》中，NERV、SEELE和联合国之间的关系是什么？
先说结论：NERV是联合国的特务机关，前身是人类进化研究所。SEELE是庞大的宗教组织，在暗中操纵着联合国。NERV相当于SEELE的下级，是实现补完计划的执行机构。SEELE、联合国、NERV是从上到下的关系，但是貌合神离，相互隐瞒了一些情报。以下是详细说明：EVA的TV版、剧场版、漫画还有游戏的个别设定有所更改，有冲突的地方以TV和老剧场版为准。
SEELE是一个历史悠久宗教组织，名称是德语“灵魂”的意思。从中世纪就已经有了雏形，二十世纪中期发展壮大，有权有钱，成为了暗中支配世界的组织（游戏中补的设定）。组织的目的是实现“人类补完计划”，手中掌握的死海文书被视为神谕，文书中的预言随着剧情发展悉数实现，约定之日即实现人类补完的日子。TV版24话有提到，人类补完实际上是SEELE的全人类以死赎罪的计划。
他们以死海文书为指导文件，暗中引导着计划进行。2000年，葛城研究队在南极发现了亚当。随后在实验中人类拔出了朗基努斯之枪，引发了亚当暴走，造成巨大的爆炸。直接导致了南极冰雪融化海平面上升，地轴偏转，气候巨变，全球人口减少一半。这次灾害被人称为“第二次冲击”。灾害发生后，SELEE回收了郎枪和胚胎化的亚当。
而联合国来给他们擦屁股，开始了灾后重建工作，并对外编造了陨石撞击的谎言。与此同时联合国在位于日本箱根的，莉莉丝坠入地球后形成的大坑里，建立了人类进化研究所GEHIRUN(德语：大脑)。对外宣传的目的是防止使徒对人类造成危害，但实际上是为了服务人类补完计划。老碇也借着他老婆的关系，得以在研究所工作。期间开始了eva的研究，复制莉莉丝制造了初号机，其他机体均为亚当的复制。
2010年，MAGI系统开发完成，用于辅助决策、监控使徒、数据处理、城市管理。GEHIRUN重新组建为NERV(德语：神经元)，并在全球建立了八个支部。直到2015年的使徒来袭，一直在调查及备战。NERV所需要的资金由SEELE提供，但其最高领导者碇源渡有自己的阴谋，他不想通过处刑莉莉丝来完成补完计划，而是想借亚当和莉莉丝之力，重新见到自己的老婆。
所以两者一直在暗中较劲，还相互安插间谍。《真心为你》中老碇直言“死亡不能带来什么”，这种行为给了一个SEELE发动进攻的契机，NERV和SEELE彻底决裂。于是SEELE放出消息，说NERV要引发第三次冲击，义愤填膺的日本政府出动了大量战略自卫队，进攻了NERV总部。推动故事主线的一直是NERV和SEELE的勾心斗角。
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