学院机构设置实行三级设置两级管理，即设学院、学科部、系三级，学院、学科部两级管理，系无行政职能。学科部设有人文、理工、财经、信息和基础5个学科部；学院行政机构只设9个，即院长办公室、教务处、资产财务处、人事处、学工处、科学技术处、行政处、公共安全管理处和国际交流处；院党委下设党委办公室，与院长办公室联合办公，另外设党务工作部，赋予组织、宣传、纪检监察等职能。
这是该院的一个创新尝试。折叠编辑本段教学成果南昌大学科学技术学院学院把质量视为独立学院的生命线，实行独立的教育教学管理，先后制定和实施了40多个教育教学管理制度，并建立了一整套质量保障体系，实行学院、学科部和系三级督导体制。学院从2005年开始实行学分制教学管理模式，建立包括通识课、泛学科选修课、专业主干课、专业限选课和素质能力任选课五大课程模块。
与此相配套，该院经批准在全省率先试行按学分制收费，并自行开发相关软件，取得良好的效果。由于学院重视教育质量，按照一流独立学院的要求不断提高办学水平，取得了丰硕成果：该院学生先后在全国、全省各类比赛中获得奖项685个，其中：国家级奖126个，省级奖559个。在全国比赛中，先后获得全国大学生数学建模竞赛一等奖4个、二等奖8个；全国电子设计竞赛二等奖1个；全国大学生广告设计大赛二等奖1个；全国大学生英语竞赛特等奖1个、一等奖6个、二等奖16个，三等奖33个；全国大学生英语竞赛的决赛中江西赛区演讲“十佳”称号1个。
折叠编辑本段收费标准学院作为独立学院设有独立的财务，设有财政专户，取得了收费许可证和票据使用权。我院实施完全学分制，收费标准按江西省教育厅、财政厅、物价局批准文件（赣教计字[2005]238号）执行：A类专业每学年预交学费8000元，B类、C类、D类专业每学年预交10000元（注：A类专业包括旅游管理、汉语言文学、法学、工商管理、英语、德语、新闻学、国际经济与贸易、会计学、市场营销等专业；B类专业包括生物技术、计算机科学与技术、电子信息工程、高分子材料工程、环境工程、机械设计制造及其自动化、土木工程、自动化、制药工程、生物工程、电子商务等；C类专业包括体育、艺术设计、工业设计等专业；D类专业包括建筑学（五年制））；住宿费预收1000元/年（赣教计字[2002]146号文件），入学后按所住楼栋标准多退少补。
收费标准如有变化则以江西省物价局批准文件为准。折叠编辑本段资助政策学院十分关心贫困生生活，重视对贫困生的资助工作，根据国家有关文件规定精神，结合独立学院的实际，逐步建立和形成了一整套有效资助模式，其主要内容是：（1）建立了较为完善的贫困生档案，全面掌握贫困生的基本状况，为资助工作提供科学依据；（2）设立优秀学生奖学金和优秀贫困生奖学金，其中：最高奖金金额10000元/人.学年，最低奖金金额1000元/人.学年；（3）组织指导贫困生申报、享受国家助学贷学金，并承担国家所规定的风险抵押金；（4）对特别困难的优秀学生给予一定学费减免；（5）组织学生开展勤工助学活动，鼓励经济困难学生通过合法、诚实的劳动获得一定的经济收入。
学院专门成立了勤工助学中心，为学生开展勤工助学活动提供必要服务。折叠编辑本段现任领导学院院长 李军红党委书记 胡文立党委副书记 黄兴磊财务总监 袁杰学院副院长 邱晓辉特色专业内容来源于高考派电气工程及其自动化专业详情
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