暗部，隶属于火影管辖，每个人都使用代号，执行秘密任务，如保护，暗杀，刺探，秘密抓捕，以及一系列的绝密任务，从黑暗处保护村子。根，由团藏组织，美名其曰暗部培训班。其实就是团藏私人的武装力量。不受任何人的管辖，只听命于团藏。任务和暗部差不多。但是根里面比暗部更为黑暗。所有人不许有名字，没有未来，没有感情，还被下了咒术，只知道听命于团藏，执行团藏的任务。
动漫《火影忍者》中的根和暗部是什么关系？
暗部暗部是暗杀特种作战部队的简称，由二代火影千手扉间掌控木叶之初建立的。之后其他一些忍者村也有效仿。加入暗部的条件非常苛刻，都是忍村中出类拔萃的优秀忍者，暗部是直接受命于火影的执行秘密任务的组织。火迷们熟知的暗部成员有:宇智波鼬；宇智波止水；旗木卡卡西；卯月夕颜；月光疾风；大和。 暗部服装：类似于猫科动物的面具，通常身穿黑色紧身衣 外面穿一件白色背带衫 下装基本与其他忍者无异 有时也会套一件黑色风衣（分队队长的风衣是米黄色的）普遍背上配有长刀。
根 根，又称“暗部培训部门”直接隶属于木叶元老志村团藏的独立组织，即不受火影的管制，也不受暗部所管辖，制服是白色或黑色披风，相比暗部，其成员的面具更为丰富，大致成员有:佐井；信；油女取信；山中风；寺井。从疾风传·卡卡西暗部篇中得知，在九尾事件至宇智波灭族事件期间，该组织的活动相当活跃，在木叶发挥着独特作用。
而且根曾经预谋刺杀三代目，由于卡卡西的反水所以没有成功，团藏对此耿耿于怀，一心以为三代目抢了他火影的位置。作为暗部培训部门，成员实力自然不用多说，区别在于，暗部成员在不执行任务时可以用正常的身份生活，像卯月夕颜和月光疾风就是一对恋人，而根的成员普遍都是从小洗脑，没有一点个人情感的杀人机器，根之所以能够建立于二代火影和团藏的铁血手腕离不开关系，换句话说，团藏的想法与二代目较为接近况且在建立暗部时团藏有些不小的贡献，所以能得到二代目的默许和支持。
但由于三代火影无法容忍志村团藏将人培养成杀人机器的行为，在宇智波灭族事件之后，下令解除团藏“火影辅佐”的职务，并下令“根”解散。在疾风传中，该组织再次出现，得到了木叶同为铁血政策的两位高级顾问的支持得以继续重组。团藏还继任过火影一职。结语佐井在刚出场时，称自己是暗部成员，实为根的成员，有种间谍的感觉，有相似经历的还有大和 与卡卡西。
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