其中，尤其以东林党的影响最大，嗓门也最高。以顾宪成为首的一批政治失意人士，在失业后不甘沉寂，开始在东林书院进行教学实践。以此为阵地，他们获得了江浙一带地主势力的支持，在百姓和士族中间越来越具有话语权。为了展现自己的远大理想和政治抱负，东林党在起家时就特别注重自己的高逼格。作为书院的创始人，顾宪成、邹元标、赵南星等人，个个都是名满天下和著作等身的超级明星。
尤其是顾宪成，甚至在书院大门挂出了这样的口号:风声雨声读书声，声声入耳；家事国事天下事，事事关心。到了万历中期，尽管东林党不断崛起，但还没有达到天下无敌的程度，朝中还有齐、楚、浙等党派存在，形成了相互制衡的态势。基本上，凡是对方支持的，东林党就坚决反对；凡是对方反对的，东林党就坚决支持。对于这种堂而皇之的党争，万历皇帝居然睁一只眼闭一只眼，希望借此保持朝局的平衡。
齐、楚、浙三党联名上疏，要求万历皇帝继续铲除张居正在朝中的余孽。东林党人自然不甘示弱，纷纷上书予以驳斥，而且说得“有理有力”，说得“有依有据”。解释一下，东林党并不是张居正的支持者，他们纯粹就是为了反对而反对。在这次论战中，东林党人发现齐、楚、浙三党并非铁板一块，很快就将楚党分化了出来。于是，三党联盟就变成了两党联盟，完全不是东林党的对手了。
万历四十八年，明神宗朱翊钧终于驾崩了，太子朱常洵在东林党的大力支持下成功登基，史称明光宗。不过，这位朱皇帝非常悲催，战战兢兢当了几十年的太子，如今终于转正了，可在位不到一个月就驾崩了。事情太过突然，东林党人懵圈了。不过，他们都属于千年的狐狸，很快开始拥立下一任皇帝，也就是光宗的长子朱由校。如果对朱由校不熟悉的话，那提到“木匠皇帝”，您就一定是如雷贯耳了。
朱由校登基之初，东林党完全把持着朝政，齐、浙两党已经没有了立锥之地，只得开始攀附阉党以求自保。加之，朱由校除了木匠工作以外凡事都不上心，所有朝政事务都交给大太监魏忠贤打理。受此影响，阉党终于崛起于大明王朝，开始与东林党两强相对。没过两年，阉党一举击败东林党成为朝中的第一实力派，彻底掌控了军政大权。传统上，后世多指责阉党如何不堪，如何祸国，如何殃民。
但是，从万历年间崛起，一直到崇祯年间灭亡，长期身居权力中枢的东林党人更加不给力。面对国家的危局，他们不仅没有建设性的贡献，反而把全部精力都用在了无休无止的党争和拆台上。崇祯即位后，东林党更是不断蛊惑和愚弄好大喜功的朱皇帝，积极推行了许多前后矛盾而又混乱无序的内外政策。结果，本来勉强还相安无事的明朝，终于被搞得内忧外患，流民起义和后金攻势不断，无奈结束了两百多年的国祚。
崇祯虽然不值得同情和惋惜，但他在最后关头还是觉醒了。起码，认清了东林党人的本来面目，在煤山自缢之前，崇祯的遗言就是:文臣人人可杀。这里的“文臣”，就是指东林党人。可以说，正是这些自命清高又狗屁不懂的东林党人，不断鼓动崇祯扶持地主、打压农民、对内强硬、对外妥协……。终于，在他们坚持不懈的霍霍之下，大明朝加速走向了坟墓。
明朝是不是有“六扇门”这个部门？
“六扇门”确实是存在的，但只是古代某些衙门的合称，或者说代称、别称，其衙门正式名称肯定不是叫“六扇门”。本身具于两层含义。含义一：三法司衙门的合称。古代公门的大门都是三开间，每间各安两扇黑漆门扇，总共有六扇门，所以俗称“六扇门”。“六扇门”主要处理刑法诉讼之类事务，无论民间、还是官府都如此称呼。因此，“六扇门”就成了三法司衙门的合称，而三法司衙门在不同朝代也不相同。
秦代为殿中置一法官，御史置一法官及吏，丞相置一法官；汉代为廷尉、御史中丞、司隶校尉；唐代为大理寺、刑部；宋代为大理寺、刑部、御史台；元代为大宗正府、刑部、宣政院；明清时为刑部、大理寺、都察院。含义二：赋有特殊使命的组织。久而久之，六扇门也演化成为一些赋有特殊使命的衙门代称，具体是指处理民间、江湖事务的衙门代称。
唐代贞观年间，为彻底解决隋末农民起义的残余势力和各地绿林豪强，刑部建立“六扇门”秘密训练基地，训练由新锐少年组成“鹰犬”。后来随着社会稳定，其职能也逐渐弱化。明朝万历年间，为了处理一些复杂的大型案件，成立了一个集武林高手、密探、捕快和杀手于一体的秘密组织。由于工作的保密性，总部位于坐北朝南，东南西三面开门、每面两扇门总共六扇，所以用“六扇门”代称，组织成员为了保密也称呼总部为“六扇门”。
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