染色体XY代表男性，XX代表女性，那这个Y染色体是祖祖辈辈留下来的吗？
在大多数情况下，答案是肯定的。也就是说Y染色体就是从男性祖先那里祖祖辈辈传下来的,而且几乎没有什么改变。理解性染色体的遗传规律我们会从父母那里分别继承了23条染色体，总共46条，且两两配对。但其中有一对在男性体内会有些不对称，因为其中包含了一条来自父亲的Y染色体和一条来自母亲的X染色体。而女性则是一条来自父亲的X染色体和一条来自母亲的X染色体。
母亲总是向子女遗传自己两条X染色体中的任意一条，而父亲则会向儿子遗传自己唯一的那条Y染色体，但向女儿遗传自己的唯一的那一条X染色体。当然这条唯一的染色体也是来自男人的母亲的两条X染色体之一，也就是说来自于男人的外祖父或者外祖母。所以：男性的Y染色体只可能来自于父亲，如果再往上追溯一代的话，就是来自于祖父。
男性的X染色体只可能来自于母亲，若再往上追溯一代的话则可能来自外祖父或者外祖母。女性的两条X染色体，一条来自于父亲，一条来自于母亲，如果再往上追溯一代的话则可能来自于祖母、外祖母或外祖父，但绝对不可能来自于祖父。上图：X染色体的遗传，男性的X染色体只能来自于母系，女性的染色体则来自父母，但再往上追溯一代不会来自于祖父。
通俗点说，Y染色体永远并且直接来自于爸爸，而X染色体则终归还是来自于某个妈妈（因为男人的X染色体只能妈给）。在有性生殖的过程中，来自父母的两组染色体将“重组”它们的基因，有点洗牌的意味，这意味着这些染色体彼此交换遗传信息，达到某种随机混合的效果。从短期来看，这种“洗牌”的过程意味着儿子或女儿的性格和生理特征的组合很难严格复刻父母。
从长远来看，这形成了某种遗传多样性，并有助于消除可能对后代不利的性状。上图：Y染色体主要基因的功能是涉及性决定以及精子发育。而X染色体涉及的问题就多了，诸如眼睛白化症基因、杜氏肌营养不良症、雄激素不敏感症、严重的组合免疫缺陷、血友病、色盲症，与这些疾病相关的基因都在X染色体上。这导致只有一条X染色体而没有备份的男性更容易患这些遗传性疾病。
Y染色体上有什么？尽管X和Y染色体有一小段是相同的，但是基因测序已确定，超过95％的Y染色体是雄性所特有的，这部分DNA序列被称为Y或MSY的雄性特异性区域。实际上，该区域与X染色体天差地别，以至于我们必须给人们经常引用这个事实：“人类具有99.9％的遗传同一性”加上“仅适用于同性间比较”的这个前提。
如果拿男人与女人的遗传物质进行比较，同一性就达不到99.9%了。所以文艺界说“男人来自火星，女人来自金星”还是有点点似是而非的科学根据的，如果有外星人初来乍到，或许他们会认为男人和女人可能是基因略有差异的两个物种。O(∩_∩)O~Y染色体的男性特异性区域部分在生殖过程中不会与X染色体发生重组，这意味着当父亲在有性生殖过程中贡献Y染色体时，该染色体上的大多数基因都不会与X发生混合。
从基因学上讲，Y染色体可以算是无性传播的。 上图：染色体重组示意。两个配对的同源染色体会发生局部遗传物质的交换（不仅仅是DNA哦，还包括缠绕DNA的组蛋白及其表观遗传信息）。尽管基因重组可以在后代中表达多种性状，但Y染色体的大部分线性传播（n代单传）并不一定是一件坏事。实际上，这种特征使科学家能够了解男性血统的历史。
使用Y染色体来认祖归宗由于大多数Y染色体是不经重组传递的，因此该染色体上的DNA提供了男性父系祖先系的遗传史。[相对地，线粒体（细胞中产生能量的细胞器）中的DNA被用于母系的遗传研究，因为线粒体具有不同于核DNA的自身DNA，而我们仅从母亲那里继承线粒体DNA。实际上最近的研究发现父亲精子中的线粒体DNA也可能遗传给子女，这有可能会扰乱母系线粒体DNA的世系研究。
]这里只讲父系，就不展开线粒体DNA了。例如，2003年的一项研究对蒙古人的遗传世系进行了研究，蒙古人的领土曾经跨越人类历史上拥有最大连续领土的帝国。研究人员研究了整个亚洲范围内超过2100名男性的Y染色体，发现一项特征标记出现在从太平洋边缘到里海的大约8％的男性当中，约占全世界男性总数的0.5％，通过分析发现此Y染色体上的这一特征起源于约1000年前的蒙古。
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