东厂和锦衣卫的关系一开始，东厂和锦衣卫作为平级的权力机构，是不存在任何关系的，他们各负其责，各司其职，但是由于东厂的头领是由宦官来担任，属于内臣，而锦衣卫头领一般是由皇帝亲信武将来担任，属于外臣，由于宦官一般与皇帝的关系更为亲密，更容易得到皇帝的信任，因此纵观整个明朝，大部分时间都是处于东厂压制锦衣卫的状态，明代有名的太监基本上都担任过东厂提督，足见东厂的权力之大，甚至到了明朝后期，居然还出现了锦衣卫指挥使要向东厂提督太监下跪的情况。
当然了，也有例外，比如嘉靖朝，锦衣卫出现了一名绝顶高手，那就是从小和嘉靖皇帝一起光屁股长大的陆炳，在他担任锦衣卫指挥使期间，凭着自己的聪明才智和和他与皇帝的关系，锦衣卫的权力也达到了巅峰，完全处于压制东厂的趋势，但这毕竟是少数。结语：朱元璋设立锦衣卫和朱棣设立东厂，其初衷都是为了强化皇权集权统治，确实也起到了一定的作用，但也产生了很多的副作用，尤其是东厂，它的设立，为宦官专权提供了很大的权力基础，正是因为有了东厂，在明朝中后期才出现了很多权倾天下的大太监，这也使得东厂这个权力机构在历史上留下了臭名昭著的恶名。
为什么锦衣卫和东厂在历史上名声不好？
感谢悟空邀请！锦衣卫是皇帝的鹰犬，东厂是天家的家奴，也就是说他们效忠的只有皇帝。如果在英明的皇帝掌握下，他们会尽力的发挥自己的作用，可能还会为国家贡献力量。要是在昏庸的皇帝手中，他们会变成令人闻风丧胆的刽子手，把屠刀挥向大臣。大臣们是属于文官集团的，他们不论什么时候都站在道德的制高点上。有时候都敢当面骂皇帝，皇帝也是气的咬牙切齿，可是偏偏不能把怎么样。
明朝只有两个皇帝不惯这些文官的臭毛病，一个是洪武大帝朱元璋，另一个是永乐大帝朱棣。有大臣敢顶撞他们，那真是说杀就杀啊，一点也不含糊。大臣在这两个人手下干活，天天精神压力也是非常大，尤其是朱元璋。洪武四大案，大家都应该听说过一些，那是真是把官员勋贵都杀了一遍了，上上下下人头滚滚，血流成河，其中首当其冲的就是锦衣卫。
后来东厂设立，更是把特务机构发展到了顶峰。东厂可谓臭名昭著了，无数的忠良死在了东厂的手里，包括现在影视剧里面东厂几乎就没有一个正牌的角色。东厂也也出现了无数的著名死太监，例如刘瑾，王振和九千岁魏忠贤。这些人制造的冤假错案多了去了，冤杀错杀的官员也多了。很多大臣们和百姓被这些人害得家破人亡，根本不可能对他们留下好评价。
明朝设立了东厂和锦衣卫以后，为什么又要设立西厂？
厂卫是明朝的特产，分别是锦衣卫、东厂、西厂、内行厂，由皇帝直接控制，是镇压文武官员的统治工具，不用经过各级司法机关，可绕过一切法律手续，抓人、审讯、处置、屠杀均可，捏造罪名也是小意思，有明一朝，厂卫机构地位特殊，权势远超其它机关，君臣关系最紧张、恶劣就是明朝，明亡时崇祯写下“诸臣之误朕也”，与厂卫制度有直接关系。
东厂由朱棣设立，一般由宦官二号人物统领，称为东厂提督太监。锦衣卫是洪武15年，朱元璋设立的，由亲信武官担任要职，本来是一种军队组织，专门保护朱元璋出行、警卫等安全问题的，有时为了治安问题也干点缉拿的活儿，朱元璋当皇帝什么事都要管，需要侦缉逮捕要通过司法机关，速度慢，程度繁琐，慢慢就让锦衣卫直接参与，朱元璋用起来非常顺手，时常让锦衣卫侦察外面情况，特别是官员的活动，在允许锦衣卫设立监狱后，其特殊的地位体现出来，诏狱的掌管，将锦衣卫权势推上顶点，朱元璋屠杀勋贵时，都是锦衣卫鹰犬办理的。
马顺，明英宗时期的锦衣卫指挥使，在朝堂上被文官殴打致死。东厂和锦衣卫的性质是一样的，但本质不一样，对于篡位的朱棣来说，锦衣卫是服务于皇帝的，但不是服务于自己的，朱棣登帝位后，也屠杀了很多建文遗臣，比如黄子澄、齐泰、练子宁、卓敬、景清等，发现锦衣卫这个旧有的机构和官员间关系丝缕万千，存在殉情舞弊的情况；且锦衣卫也是外官，署衙在宫廷之外，不方便；而在这场政变和清洗中，宫廷中不受待见的宦官出了大力气，立下大功，宦官是身残之人，无后无牵挂，宦官就在宫廷之内，用起来非常方便，于是在永乐18年，朱棣下定决定，设立东厂，由宦官担任要职，其理由是“内外相制”，署衙就在东安门外，挨着皇城根，有事宦官跑步就能进宫。
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