但口碑这种事，是靠长时间积累的，单体店也可以通过后期的诚信经营、专业服务，从而建立良好的口碑。供货渠道加盟模式一般都有自己专门的供货商，方便采购药品，不用自己花心思去找去挑选供货商。但另一方面来说，加盟药店的供货商大都是固定的，所以采购价格相对来说也是固定的，不能货比三家，没有更多的选择。自营模式就自由得多，虽然要自己寻找质优价廉的供货商，但如果觉得不好的话还能随时换一家，选择性广泛。
还有连锁药店的统一配送体制。连锁总店给加盟门店配送的药品除破损、过期等原因外，一般是不愿退货的。而且加盟店没有从连锁公司购进药品，或者购进比例不符合合同约定，还会追究相关的责任。商品服务选择加盟，固然能获得质量可靠的商品和服务：接受系统的培训；用成功的经验来经营自己的企业；提供先进的药品电脑管理软件；提供门店管理、药品分类、陈列及摆放等服务。
有条件的连锁企业，甚至还可以享受他们的APP以及网上售药的平台。经营费用从费用上看，加盟药店可能比自营药店花更多的钱。虽然被加盟方会为你提供各种指导，但这些都是建立在金钱的基础上。选择加盟的话，加盟门店要付给总店不菲的加盟费和品牌使用费，可能后期还有管理费之类的费用，长年积累也是一笔不小的开支。而自营模式则省去了这一大笔费用，如果想要节约费用的话，自营模式或许是更好的选择。
何况单体药店经营成本比较低，相对连锁药店的一个单店来说，单体药店的人力成本远低于连锁药店。经营模式如果条件允许，加盟药店会提供一些专业的销售方案。他们活动做得多，经常会有一些促销打折的活动，而且有的药品价格特别低。此外，加盟药店能得到更多的商家培训机会，分享专业的药品信息和销售技巧等。而自营药店在这方面往往力不从心，只能自己摸索经营策略，适时调整经营方法，在人员招聘、工资待遇调整方面也有一定优势。
店面面积加盟或自营，店面大小也是一种考虑。小店面本身运营成本相对较低，在同样的加盟费下，大店面似乎加盟更有优势，药品的品类可以更丰富。而连锁店也有自己的苦衷，增加加盟店会导致经营成本大幅上升。譬如：增加配送车辆和人员势必会增加药品配送成本，同时为了保证有足够的药品配送，势必要增加药品储备，从而增加药品的仓储面积和养护成本。
而这些新增的成本肯定要在药价上平摊。店面位置如果在市区开店，市场竞争大，追求品牌的消费者相对明显，选择加盟则有一定的优势。如果在乡镇开药店，加盟的效益则相对不够突出。在偏远的乡镇开药店，不仅会发掘出一块属于自己的市场，而且还可以避免与连锁药店正面撞击。但另一方面，农村药店进货难，也将造成经营成本的增加。
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