2、确认收入时，应以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算；对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算；对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。3、确认收入时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。
销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。4、房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。五、扣除项目1、取得土地使用权所支付的金额：纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。
2、房地产开发的成本：纳税人房地产开项目实际发生的成本，包括：(1)土地征用及拆迁补偿费：土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等；(2)前期工程费:规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、“三通一平”等支出；(3)建筑安装工程费：以出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费，以自营方式发生的建筑安装工程费；(4)基础设施费：规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、“三通一平”等支出；(5)公共配套设施费：包括不能有偿转让的开放小区内公共配套设施费发生的支出；(6)开发间接费用：直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等；(7)借款费用：符合资本化条件的借款费用；3、房地产开发费用：与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用，包括：(1)利息支出:凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额；(2)其他房地产开发费用:按1、2项规定的金额之和的5%以内计算扣除；凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按1、2项计算的金额之和的10%以内计算扣除，不再考虑利息的扣除；4、与转让房地产有关的税金：营改增后不包括增值税；企业实际缴纳的城建税、教育费附加，凡能够按清算项目准确计算的，允许据实扣除；凡不能准确计算的，按该清算项目预缴增值税时实际缴纳的城建税、教育费附加扣除；5、国家规定的其他扣除项目：可按1、2项计算的金额之和，加计20%予以扣除。
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