卡维利将军命令指挥官去澳大利亚悉尼， 毁坏了尤里的克隆设施和军队。如同原来的时间线一样，苏联被盟军击败了，并且尤里的军队开始后退。在希望尽快结束战争的情况下，盟军和苏联开始合作对抗尤里。 双方在一个机密地点开始和平谈判，条约必须由双方批准和签字。但是当通知指挥官时，伊娃・李被尤里心灵控制并且告诉尤里和平会议的地点是英国伦敦国会大厦。
卡维利将军要指挥官不惜一切代价保卫国会大厦。条约最终签了字，并且增援的苏军加入战斗，尤里在伦敦的基地被夷平。原本伊娃少尉将情报泄漏之后向指挥官道歉并打算辞职，但卡维利将军立即阻止并答应原谅请她留下来。同时，盟军情报确定尤里在南极拥有最后一个心灵控制器和一个巨型的基地，他计划使用这基地展开他最后的攻击。
盟军空降了一队工程师到火地岛的修理一个废弃的苏联前哨基地。基地在建立苏联雷达后，盟军总部其后使用超时空传送仪，传送一小队盟军部队到南极。在南极火速建立了一个盟军基地，并且完全歼灭尤里的巨型基地和心灵控制器。最后，盟军俘虏了尤里，将他关进爱因斯坦设计的心灵隔离室（Psychic Isolation Chamber）。
突然时空副作用出现引起时间线融合，回到剧情从一次白宫的简报会开始，原本要发布尤里的恐怖计划变成了卡维利将军安然无恙的画面，而谭雅再庆功宴前打扮了一番，得意地问指挥官的感觉。随后伊娃少尉出现，谭雅自觉打扮得不如伊娃漂亮，于是打算找爱因斯坦博士借用时间机器“再来一次”（后来知晓会有副作用就没打算使用了）。
红色警戒3剧情接续红色警戒2，与红色警戒2：尤里的复仇互为平行时空，由于罗曼诺夫总理被盟军逮捕，苏联即将面临溃败亡国的危机，但在这时候苏联的科学家泽林斯基成功研发时间机器，于是苏联领导人用时光机回到1927年，在布鲁塞尔国际物理会议时把爱因斯坦从时间中消去，盟军就这样失去了例如光棱科技、天气控制机等的科技优势（没有爱因斯坦的理论质能等价便没有原子弹），苏联成功扭转局势，避免了崩溃，甚至当苏联领导人回到正常的时间时，苏联，已经快要征服整个欧洲了。
但对于过去的改变通过蝴蝶效应使得之后历史发生了天翻地覆的变化，直接造成了一个全新强大的势力：昇阳帝国（即日本或大日本帝国）的崛起。升阳帝国对苏联和盟军不宣而战，企图实现他们的“天命”——即征服全世界。苏联剧情在苏联战役中，玩家成为苏联的一名新指挥官，其首要任务是将升阳帝国的侵略军从苏联领土上驱逐出去。
首先是保卫列宁格勒，并击败升阳帝国的海军舰船，同时在卡斯纳第45号地区（一个建造有卫星发射设施的虚构地区）拦截偷袭莫斯科的升阳帝国军队。前两场战争全部告捷，但是苏联的一名资深指挥官尼科莱·库可夫将军称战争打赢是由于他自己的功劳，企图夺得总理的信赖，却没有得逞。随后，玩家和一名空军女将领夏娜一同夺回被升阳帝国占领的、距离帝国本土较近的海参崴海军基地。
在初步扰乱升阳帝国的进攻计划后，一名反共主义思想极其严重的美国总统霍华德·阿克曼当选，并发表演讲，正式对苏联宣战。苏联高层意识到了有了美国支持之后的盟军将开始新一轮的猛攻，且战斗力会大大提升，于是总理将玩家及坦克指挥官欧列格派往日内瓦前线偷袭盟军的军事基地，希望夺得先机。玩家完全歼灭了当地的盟军，这进一步加大了库可夫将军对玩家的不满，他在总理面前不断地贬低玩家的作战能力，但总理没有反应。
库可夫将军对玩家的不满上升到了一个新的高度。总理发现盟军在米科诺斯岛上拥有研究某种新武器的设施，玩家又被派到那里来阻止盟军的企图。玩家成功占领了研究中心，并且击败了盟军的增援部队。正当此役时，查丹科总理遭到不明人士袭击并受伤（其实该刺杀事件是查丹科自导自演，用以陷害库可夫）。在此之后，玩家再次和库可夫将军合作，一同袭击位于冰岛的冯·埃瑟林空军基地。
在这场战役中，玩家抵御了盟军的一波波空袭，并且摧毁了盟军的前线基地。库可夫将军以作战为名在玩家手中攫取了大量资金。与此同时，查丹科总理发来消息称：前一段时间的暗杀事件乃库可夫将军所为，并告诉玩家库可夫已经叛变，要求玩家铲除库可夫将军，玩家遵从了总理的指令，消灭了库可夫将军和他的部队。在库可夫之死和空军基地的毁灭之后，苏联发动了对日本本土的战争，玩家亲自指挥了在富士山天皇宫的对升阳帝国天皇芳朗的刺杀行动。
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