杀死天皇后，帝国三军的代表指挥官也被击败，在此役后，升阳帝国已无法“回天”。然而，在此战之前，发明改变苏联命运的时间机器的泽林斯基博士私自通知玩家，并告诉玩家改变历史的真相，但是在信号中途被查丹科总理切断，泽林斯基博士也再没有出现过（有可能是被总理"肃清"掉）。总理命令玩家前往复活节岛，负责保护苏联－盟军和谈的大使（实际上这是一个由总理企划的、企图全歼盟军来访军队的阴谋）。
玩家听从总理的命令，击败了当地的盟军。正当好像一切都结束了的时候，不可思议的事情发生了——总理传来信息，称玩家已没有利用余地，想要除掉玩家（如此可见查丹科总理庞大的野心）。幸运的是，玩家成功摧毁了总理所在的复活节岛火山要塞，并且杀死了总理。在此战之后，苏联已经统治了大半个世界，最后将矛头指向美国纽约。
玩家和另外一名指挥官尼可莱·莫斯克文配合入侵纽约，首先切断了当地的供给线，并摧毁了布莱德利要塞，同时建造了新的基地，成功在纽约站稳了脚跟。在玩家毁灭性的进攻下，自由女神像倒塌了。玩家完全击败了盟军，并且当上了苏联的新一任总理，一个新的“红色世界”建立了。盟军战役在盟军战役中，玩家会成为盟军的指挥官，盟军在欧洲节节败退，苏联占领了西欧大部分地区——除了英国布莱顿海岸。
盟军决定守住布莱顿海岸，玩家在指挥官吉尔利斯·皮斯帮助下，成功击退了库可夫率领的部队。然后，盟军决定解放法国的戛纳，玩家在谭雅、间谍和指挥官华伦·富勒的帮助下，盟军保护了法国的高级官员并成功打败了苏联指挥官尼可莱·莫斯克文。再后来，盟军决定解放德国的海德堡，玩家在指挥官利塞特·汉莉帮助下，摧毁了苏联的铁幕装置和被铁幕装置保护的苏联指挥所。
但就在这时，升阳帝国开始崛起，并通过浮岛要塞占领了直布罗陀，盟军将领罗伯特·宾汉决定让玩家和苏联合作打败升阳帝国，但这遭到总统反对，但苏联和盟军还是一起夺回了直布罗陀，接着盟军和苏联再次合作，控制了升阳帝国在北海的浮岛要塞，但这时，总统决定消灭苏联，于是便去拉什莫尔山启动终极武器——末日罗斯福，玩家和谭雅一起摧毁了末日罗斯福的控制器并杀掉了总统。
后来，谭雅来报，升阳帝国将军将去东京参加会议，盟军决定让玩家再次和苏联和合作去摧毁升阳帝国，但苏联却背信了，不过玩家还是驱赶了升阳帝国。后来，格雷戈尔·赛林斯基博士背叛苏联，告诉了盟军升阳帝国不该出现的真相，并告诉苏联在哈瓦那有所动作，盟军决定派玩家去哈瓦那探明情况，发现了苏联想利用隐藏在运动场里的基洛夫飞艇去轰炸盟军的任何一个城市，玩家成功的阻止了他们的计划，随后，苏联只得退守列宁格勒，总理托尼·查丹科决定逃亡太空，盟军决定让玩家去摧毁列宁格勒的中心要塞，要塞被摧毁后，苏联领导人被打入冰牢，最后，全世界恢复了自由，玩家得到情报官伊娃·麦肯娜和谭雅的邀请，美国原本的副总统成了总统。
升阳帝国战役在帝国战役中，玩家成为帝国的最新指挥官，在天皇的命令下，开始了征服之旅。首先，帝国在新年之夜进攻了苏联沃尔库塔地区某小镇，伤亡惨重，机智的指挥官利用了帝国的迅雷运输艇骗过苏联守卫，对其发电厂造成毁灭打击，最终在帝国的大量步兵的帮助下，击败了苏联统帅欧列格·凡丁，并摧毁该地雕塑和重创苏联海军。
其后，皇太子达郎给了指挥官装甲部队，天皇指示要摧毁斯大林格勒“苏联之母”雕像，指挥官联合帝国名将天西贤治击败苏军，摧毁雕像，使苏联人的精神受到重创，并护送了一支秘密的运输部队。后来在乌克兰的敖德萨，指挥官利用打击者VX护送运输部队，在敖德萨军用仓库建造了帝国传奇般的战神——将军刽子手，其轻易扫荡了敖德萨，所到之处苏军丢盔弃甲，苏军主帅尼克莱·库可夫侥幸逃脱。
随后，盟军偷袭帝国的珍珠港（EA的恶搞），在指挥官的英勇抵抗下，盟军被赶走，守住珍珠港了，但天皇大为光火，达郎才知道盟军玩起了声东击西，珍珠港只是佯攻而已，他们的主要目标其实是帝国玄武要塞，然后再借要塞来作为进攻东京的兵站，他们已经从太平洋另一侧派MCV偷袭了，达郎急忙命令指挥官去玄武要塞阻截盟军。最后指挥官利用要塞防御逐步击溃盟军，保住了要塞。
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