从那时开始，倪光南就坚持，在技术上，我们必须走自主研发道路。1988年，倪光南赴香港组建研发部门。第二年，便自主研发出汉卡的芯片，全线产品皆改为自主。此时的联想，靠着倪光南团队研发的产品，年营收数千万。接着，他又带领整个板卡团队，自主设计了整个主板和主板芯片。1991年，倪光南又带领团队，自主研发打印机芯片。
令人意外的是，他们研发的芯片，居然比当时的打印机巨头惠普，自己研发的芯片还要好。于是，靠着和惠普的合作，联想的势头一片大好。接着，1992年，倪光南又开始全力研发程控交换机。2年后，研发成功。今天我们都知道，华为是世界通信业的技术龙头。可是在那时，靠着2.1万元起家的华为，整个公司的营收，都比不上联想一个程控交换机产品。
技术更是被联想远远甩在身后。更何况，倪光南还在马不停蹄地研发，几乎每年一个产品。1993年，倪光南又搞出一个金融平台软件。一经推出，同样大受欢迎。倪光南带领研发的每一个技术，都像一只下金蛋的老母鸡。这一系列卓越的成果，在1994年结出一个大果，倪光南被评为中国工程院首批院士。而彼时的柳传志，也是难得一见的运营和销售奇才。
二人珠联璧合，在几年的时间里，联想迅速成为了中国科技企业的龙头。然而，在联想的辉煌路上，祸患的种子早已埋下。技术的研发，需要巨额的资金支持。1987年，后来叱咤风云的台积电成立，投资额相当于4500万美元。当时联想营收不过几千万人民币，从来没搞过芯片，连设计用的工具软件都没钱买。倪光南带领技术团队虽是高歌猛进，给财务带来的压力却是巨大的。
关键是，柳传志还发现：争夺市场不一定要靠技术，最重要的是客户满意。联想的技术团队有过败笔产品：四型汉卡，单板机……曾经费大力气研发，却先后被市场拒绝。相反，一些简单轻巧的创意，如一键上网、一键修复等，却取得了巨大的成功。到底是继续要闷头搞技术，还是面向市场搞营销？这本来不是一个选择题，但是对于创业十年的联想来说，人力物力有限，这是他们最现实的问题。
1995年，联想走到了命运的分岔口。6月30日这天，联想200多名中高层干部，乌压压地坐在总部会议室里。主席台只放了一张桌子，两把椅子。联想最大的上级——中国科学院派来了一位代表，宣读《关于联想集团领导班子出现分歧的情况通报》。此刻，不过是矛盾的爆发。他们的争吵，已持续了两年之久。起因是1993年底，倪光南成立“联海微电子设计中心”，要做自己的CPU。
这是一个所有PC产品都要用到的核心部件，彼时，微软和英特尔组成的Wintel联盟，几乎垄断着全世界的市场，只有日本还在做最后的殊死抗争。也许倪光南意识到，这是中国发起冲击，防止市场被血洗的最后机会。然而，这个产品不像前面的一系列芯片，操作简单，投入较小。这是一个押上联想整个公司的命运，都负担不起的产品。
可倪光南着急啊，此时的他已经54岁了。退休前产品能不能问世，还是一个问题。他更打心底里明白，科技对中国的重要性。于是，1993年，倪光南用他强大的人脉，拉上了长江电脑公司和复旦大学，一起研发。但是在柳传志眼中，挑战英特尔的CPU，可能是世界上最吃力不讨好的工作。联想的PC业务稳赚不赔，已经是稳定的现金牛。
柳传志还搭上了房地产的顺风车。他从1992年开始，就在烟台、福州、惠阳等城市买地，建立联想工业园。联想集团副总裁李勤，常常和倪光南吵架。他说，倪光南每年都要拿上百个研发项目来申请，大多都是只赔钱不赚钱的，我当然要指出来了。柳倪二人开始频频内耗。柳传志更换财务总监，倪光南举报柳传志有个人经济问题。柳传志表示再也无法与倪光南共事。
联想集团最后的决定是——留用柳传志，解除倪光南总工程师和董事的职务。021999年，彼时已经60岁的倪光南，离开了联想。已被解聘的他，落寞地向联想呼吁：请不要解聘我的工作成果。他害怕连带自己的成果，也被联想一起解聘了。没想到一语成谶，联想几乎裁撤了所有技术团队，彻彻底底变成了一家贸易公司。2000年，互联网泡沫崩溃，几乎所有的科技公司都受到波及：网易发行价15美元，跌到0.47美元，被纳斯达克摘牌；中华网的股价缩水到市值的1/200，被人收购出局。
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