蓝旗也在八旗整体扩充后，改为镶蓝旗。此后，舒尔哈齐——济尔哈朗家族与镶蓝旗长期绑定。两黄旗，则是由原黄旗扩充而来，仍由努尔哈赤统领。两白旗，由原白旗扩充而来。原白旗旗主皇太极继续统领正白旗。原白旗小旗主杜度成为镶白旗旗主。同时，阿巴泰（努尔哈赤第七子）被安插进镶白旗，成为镶白旗小旗主。以上是八旗中的七个旗，剩下的正蓝旗出现的有些突兀。
据不可靠来源，是由原来褚英的白旗分出的。这个新冒出来的正蓝旗的旗主，则由努尔哈赤的两个嫡子莽古尔泰、德格类担任。这兄弟俩的母亲是努尔哈赤的第三个正妃富察衮代。子凭母贵，才有资格成为旗主。努尔哈赤有十六个儿子，地位却不一样，主要看其母亲是否为正妃。努尔哈赤先后四任正妃及其所生子，分别是：佟佳哈哈纳扎青，生褚英（长子）、代善（次子）；富察衮代，生莽古尔泰（五子）、德格类（十子）；叶赫那拉孟古，生皇太极（八子）；乌拉那拉阿巴亥，生阿济格（十二子）、多尔衮（十四子）、多铎（十五子）努尔哈赤的这八个儿子，都属于嫡子，后来的八旗旗主也主要从这些人中挑选，后来的多尔衮三兄弟在努尔哈赤晚年，也成为两黄旗小旗主。
但由于生的晚，所以没赶上这次扩充。所以，最初的八旗及其首任旗主，就是这样：两黄旗（太祖）；两红旗（代善及其子孙）；正白旗（皇太极）；镶白旗（杜度、阿巴泰）；正蓝旗（莽古尔泰、德格类）；镶蓝旗（阿敏）；谁有资格做八旗旗主？哪个旗地位最高？对照上面的两个表，可以看出：除了阿敏是作为最初的股东之一舒尔哈齐的儿子，享有一个镶蓝旗之外，其他新任的旗主，都是努尔哈赤的后代。
主要是努尔哈赤的嫡子，但这里有两个异类——阿巴泰、杜度，一个是庶子，一个是父亲（褚英）被废的嫡长孙。阿巴泰的母亲不是正妃，却也混了个小旗主。这也是由于他生得早（努尔哈赤第七子，比皇太极还年长），且早期的人手又不够，阿巴泰确实也有能力，就自然被顶上去了。阿巴泰之后的非正妃之子，则再没有机会获得这个待遇。
杜度是努尔哈赤嫡长孙，显然是继承了其父褚英。在努尔哈赤的其他嫡子中。代善统领两个旗。莽古尔、德格类兄弟由于生的晚，则两个兄弟共掌一旗。而皇太极则是因为不仅是嫡子，而且还正当红（后面的多尔衮兄弟还没出生，前面的莽古尔泰兄弟之母又被废掉），所以独掌一个正白旗。八个嫡子中五个已经做（过）旗主，剩下的三个是亲兄弟：阿济格、多尔衮、多铎。
努尔哈赤晚年，以嫡长子继位，嫡幼子继产的原则，让三个嫡幼子阿济格（18岁）、多尔衮（11岁）、多铎（9岁）成为两黄旗的旗主——正黄旗（阿济格、多尔衮）；镶黄旗（努尔哈赤、多铎）。也就是说，努尔哈赤晚年，其名下只有镶黄旗的半个旗。而且，他也交代：等自己死后，剩下的半个旗也交给多铎。多铎作为嫡幼子，地位尊贵，在当时远超多尔衮。
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