多尔衮的地位则是皇太极即位后，为了分化其他贝勒被刻意拉高的。可皇太极也没料到，这却成了给自己埋的雷。因为镶黄旗是努尔哈赤最后掌握的旗，列阵之时，镶黄旗列于左翼第一，正黄旗列于右翼第一，其余六旗依次排开。由此，镶黄旗成为头旗。努尔哈赤生前，还曾计划把杜度（镶白旗旗主）调到镶红旗，让多尔衮做镶白旗旗主。由于努尔哈赤突然去世，只完成了一半——杜度被调到了镶红旗，多尔衮却没来得及进入镶白旗。
镶白旗便落在了新即位的皇太极手中。皇太极与多尔衮皇太极做了大汗，自然要巩固权力。所以，在其即位前后，就安排长子豪格成为镶白旗旗主。而原镶红旗旗主杜度在被调到镶红旗后，继续遭到皇太极的排挤。去世前两年，太祖长子长孙杜度被皇太极削爵。至此，褚英家族彻底出局。皇太极、豪格父子，分掌正白旗、镶白旗。随后，又以黄色是国主之色为由，将两白旗（皇太极父子）与两黄旗（多尔衮兄弟）交换颜色——只是旗色调换，人员不动。
也就是，皇太极时期的两黄旗，实则是最初的两白旗。而最初的两黄旗，则被换成了两白旗。但镶黄旗是头旗的定制未变。正蓝旗旗主莽古尔泰、德格类兄弟先后去世，又被揭发有谋反的打算。所以，莽古尔泰之子的旗主之位被剥夺，正蓝旗也被拆分。一部分划入镶黄旗（豪格、阿巴泰），一部分皇太极自己统领。之后，皇太极将自己的正黄旗和正蓝旗混编，改组为新的正黄旗、正蓝旗。
又将新的正蓝旗改名为镶黄旗。这样，皇太极由原来的一个旗（正黄），变成了两个旗（两黄旗）。而原来由豪格统领的镶黄旗，则再次变换旗色为正蓝旗。阿巴泰也是稳得一批，他所在的旗，旗色从镶白变成镶黄，再变成正蓝，旗主由杜度换成了豪格，而他始终是小旗主。至此，调整后的八旗旗主如下：两黄旗（皇太极）正蓝旗（豪格、阿巴泰）镶蓝旗（济尔哈朗）两红旗（代善家族）两白旗（多尔衮三兄弟）别以为这样就完了。
皇太极死后，多尔衮掌权，又开始了新一拨的调整。多尔衮第一次调换，是对自己的亲弟弟多铎下手。原本，多尔衮与阿济格共同统领正白旗（最初的正黄旗），多铎独自统领整个镶白旗（最初的镶黄旗）。多尔衮趁着多铎犯了一个小错，将其一半的旗份夺去，收为自己所有。这样，多尔衮就掌握了一半的正白旗和一半的镶白旗。随后，又将多铎的镶白旗与自己的正白旗调换旗色，就组成了一个新的正白旗。
至此，多铎由独领一正白旗，变成与阿济格共领镶白旗。阿济格原地不动。多尔衮则由半个正白旗，变成独领一个正白旗。几年后，豪格、多铎相继去世。两人属下的正蓝旗、镶白旗佐领都被收归多尔衮手中。多尔衮先将正蓝旗与镶白旗对调。原属豪格的正蓝旗再次变色为镶白旗，与正白旗一起，由多尔衮独自统领。还记得阿巴泰吗？此时已死，其子博洛、岳乐继承了他的小旗主之位，被多尔衮分到换色后的正蓝旗。
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