为此，田志伟主任全国组织特定问题调查委员会，全面摸底水产养殖的现状、问题和风险；加强监管力度，逐步建立合理的管理机制与产业规划。 以省为例，根据2017年国家海洋局海洋专项督查针对省的反馈意见，围海养殖用海约1.8万公顷，取得海域使用权面积仅27%，存在大量未取得海域使用权围海养殖用海。部分围海养殖规避海域管理，以土地使用权证、养殖证、养殖协议取代海域使用权证现象突出。
此外，部分区域非法养殖处罚力度过轻，存在以罚代管问题。海水养殖规模的不断扩大，在获取可观的经济效益的同时，引发了一系列生态问题：水质恶化、海域生物群落结构变化、生物多样性降低、鸟类及重要水生动物栖息地、养殖生物产量及品质下降等。以昌黎为例，受大面积养殖池塘开发的影响，七里海泻湖、滦河口湿地等重要海洋生态系统的生态功能明显衰退、大面积、高密度的筏式养殖改变了海洋水动力，降低了海洋自净和污染物扩散能力。
（康伟伟 硕士论文《昌黎海水养殖对海洋生态影响研究》，师范大学，2010年）。养殖过程中产生大量的氮、磷、有机颗粒物随着沉积和水体交换，引起海水富营养化，并因为不平衡的氮、磷比导致浮游植物群落结构的改变，是赤潮发生的重要因素。（苏艺，刘佳，韩晓庆等：《海水养殖对海洋生态的影响———以省昌黎县为例》，江苏农业科学，2012，40（3），P306－309）。
水产养殖以追求产量为首要指标，高密度的养殖造成了药物的依赖。通过对南美白对虾养殖的实地调查，发现各类添加剂和药类多大数十种，并发现普遍使用多种用于植物的杀虫剂（草甘膦、菊酯类），这些药品的本身用途并不是用于水产养殖，并全部明确直接用于水体，对该类药品引起的食品安全和海洋生态系统的影响和风险尚未见任何评估和研究。
反季节养殖和育苗主要在冬季进行，通过对渤海湾北部的实地调查发现，冬季养殖户打深井提取地下热水用于加热水体温度，并将温度远高于海水温度的地下水，直接排放到渤海中。 中国科学院测量与地球物理研究所研究结果表明，华北平原每年地下水超采达到60亿-80亿吨，其中大多数为难以恢复的深层地下水。 【报道《扇贝去哪？獐子岛员工自曝去年11月份已现异常》】 （《中国经营报》，2018年1月30日报道）节选报道部分内容如下：从11月初，獐子岛（上市公司，股票代码：002069）部分养殖海域出现扇贝大量死亡事件，“近期的确有某些海区的扇贝存在大量死亡的情况，但具体原因目前还没有结论，而且这种情况不只发生在獐子岛。
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