申报了未开票收入后又补开发票，必须按已开具发票的金额进行纳税申报，多交一笔税款，明显不合理也不合法。建议对于已申报未开票收入，补开发票业务在次月申报时，税务机关应允许企业据实在《增值税纳税申报表附列资料（一）》“开具增值税专用发票”或“开具其他发票”栏次填列正数，同时在“未开具发票”栏填列相应的负数。
对于在“未开具发票”栏填列负数导致的企业虚开发票或虚假申报的风险，可以通过增加申报比对规则及加强后续管理来解决。对此，总局已有过明确答复。按照《国家税务总局关于调整增值税纳税申报有关事项的公告》（国家税务总局公告2019年第15号）规定，纳税人2019年4月补开原16%税率的增值税专用发票，在纳税申报时应当按照申报表调整前后的对应关系，将金额、税额填入4月税款所属期的《增值税纳税申报表附列资料（一）》第1行“13%税率的货物及加工修理修配劳务”“开具增值税专用发票”相关列次。
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