首先，在生物进化史上，确实有一些生物有第三只眼睛。人类的祖先——当然是非常非常古老的爬行动物的祖先——有第三只眼睛，但这个第三只眼睛并不是真正的眼睛，那个时间太久远了。很久以前，爬行动物就有了功能不全的第三只眼——“松果眼”。由于种种原因，这第三只眼睛并没有最终进化成真正的眼睛，甚至是从体外逐渐进入体内的。
有科学说人本来是有三只眼的，是真的吗？
“本来是有三只眼”的这个事情，既对又不对。首先来说，生物进化的历史上，确实有一些生物生长有第三只“眼睛”，比如说下面的这种喙头蜥，他的脑袋上就有第三只“眼睛”，不过这一只眼睛不是严格意义上的眼睛，这个眼睛看不见东西，仅仅具有透光的能力，其作用是让大脑内的松果体感受阳光进而调整自身的体温。这只“眼睛”叫做“顶眼”或者“松果眼”，
这种不具有完全功能的第三只眼睛在很多脊椎动物的发展历史上都出现过。只是这种简化版的眼睛并没有最终发展成真正的眼睛，甚至于对于绝大部分生物而言，他们的这第三只眼睛逐渐消失了，所以说，人类的祖先——当然是非常非常古老的那种爬行动物祖先了，是有第三只眼睛的，只是这第三只眼睛不是真的眼睛，而且那个时代距离现在太久远了。
事实上，多一只真正的眼睛对于生物而言是坏处多于好处的，两只眼睛最大的好处就是可以看到“景深”，意思就是说我们可以通过两只眼睛来判断物体相对自身的距离，这对于生物的生存是有很大的好处的。但是再多一只眼睛，带给我们的更多的好处是微乎其微的，然而为了让这多出来的一只眼睛工作，我们可能要提供大量的能量，大脑为了更好地调度这只眼睛，可能也要有更复杂、更耗能的结构，而且眼睛非常脆弱，非常容易受到伤害，
所以说，第三只眼睛对于生物而言，坏处多于好处，因此没有生物会有两只以上的具有完整意义的眼睛。（昆虫的复眼是另外一回事）进化的过程中，很多生物体内还是保存了原始的“松果体”，人类的大脑中有一种东西叫做“松果体”，这个松果体就是人类古老的爬行动物祖先逐渐演变后的“第三只眼”。松果体的位置可以参考下图，这个“第三只眼”主要的作用是调节生物钟，通过各种信号感受外界的阳光来控制褪黑激素的分泌的。
我们重新整理一下思路：很久之前，爬行动物有第三只不具有完整功能的眼睛——“松果眼”，因为种种原因，这第三只“眼睛”没有最后进化成真正的眼睛，甚至于逐渐从体外进入体内，变成了松果体，所以我们从进化的角度说，这是第三只“眼睛”，即便这只眼睛跟我们传统意义上的眼睛没有任何相似之处。最后，这第三只眼睛跟什么“慧眼”、“天眼”、“修炼”没有半点儿关系，别听一些神棍胡说八道，
为什么很多人说人有第三只眼？
其实人类真的有第三只眼睛。在古代，我们的第三只眼应该长在脑后。科学界也研究过远古生物的头骨，头骨上有一个洞，然后这个洞被证明是第三只眼的眼眶。然后第三只眼退化了，现在在我们大脑里叫松果体。这个松果体研究医学上所有与眼睛相似的组织，可以接收蓝光，释放褪黑激素。额头对应这个松果体的位置就是我们不睁开就看不见的第三只眼睛(正好是二郎神额头和眼睛的位置)，这个位置正好是眉心脉轮(也叫第三只眼轮)在脉轮中的位置。
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