特别是当时还是效率极低的手工读取纸质档案录取，分批次录取可以更高效地圆满完成招生计划。具体做法是人为地通过行政手段大致按照高校历史形成的分数层次高低划分成先后录取顺序，高分的学校先录取，低分的学校后录取。这也是当时手工录取不得已才采用的手段，在目前已经是市场经济和计算机大数据时代，从高校录取的技术手段的角度，完全没有必要再分批次。
虽然录取批次划分的初衷并不是为高校划分层次，但是事实上被划入本科一批次的高校多为包括名校在内的当时的全国重点高校，被划入本科二批次的高校多为普通本科高校，而被划入本科三批次的高校多为21世纪以后本科扩招后新设立的民办高校或者与公立高校合作的民办独立学院。而且各省高招办在每年高招录取的时候还通过行政手段规定了各个批次的最低录取控制分数线，简称一本线、二本线、三本线。
对考生来说，只有达到相应的最低录取批次控制分数线才有资格被该批次的高校录取。对高校来说，不能以低于本校所在批次分数控制线录取考生。因此逐步在人们心中，一本、二本和三本确实成了高校层次划分的一个标签。各省发布高校招生计划时候也是把高校分批次排列的。考生填报高校志愿的时候，也是分批次填报的。高校录取的时候，首先一本高校先录取，一本录取结束后没有被录取的少数一本线以上的考生和二本线以上考生放到一起进行二本录取，二本录取结束后的剩余考生再进行三本录取。
本科高校的分批次录取还影响到中学。各个中学都以学生能被一本高校录取为荣。社会公认评价高中教学水平的一个指标叫做一本录取率，就是学校所有高中毕业生考入一本学校的学生比率。或者叫做一本上线率，就是学校所有高中毕业生中高考成绩达到一本线的学生比率。分批次录取的初衷虽然只是为了提高录取工作的效率。但是由于上述原因相当于人为地把高校分为三六九等。
不利于高校平等竞争。比如某一位分数只能达到三本层次的考生，由于具备某种特殊才能被一本层次高校看上，也不可能跨越批次录取控制分数线被一本高校录取。同样一位高分考生放弃一本高校宁愿到自己中意的三本学校一个特殊专业去读书也会被嘲笑。分批次录取也同时造就了学历歧视。学历歧视不仅体现在招生环节，也体现在就业环节。
就业时候用人单位歧视三本毕业学生。针对批次录取的这些弊病，根据《国务院关于深化考试招生制度改革的实施意见》即将在全国铺开的高考改革将合并本科招生批次。2017年已经在上海和浙江试点实施。将所有高校的本科一批次、二批次和三批次分步骤合并为一个本科录取批次。未来只有本科，一本、二本和三本的称谓将不复存在。
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